ईवे बिल प्रावधानों ने मुख्य रूप से एकल राष्ट्रीय स्तर के ईवे बिल को लक्षित किया था, जिसका उपयोग पूरे देश में माल के आपूर्तिकर्ताओं और ट्रांसपोर्टरों द्वारा किया जाएगा। जब तक यह राष्ट्रीय ई-वे बिल तैयार नहीं हो जाता, राज्यों को अपनी वर्तमान ई-वे बिल प्रणाली जारी रखने के लिए अधिकृत किया गया। हालाँकि, जीएसटी परिषद ने महसूस किया कि इससे माल के अंतर-राज्य आंदोलन में अनावश्यक परेशानी पैदा हो रही थी, जिसने अंततः जीएसटी ई-वे बिल को पहले लागू करने की आवश्यकता को प्रेरित किया।
जल्द ही, व्यवसायों को ई-वे बिल पोर्टल की तुलना में जीएसटी रिटर्न में रिपोर्ट किए गए डेटा की विसंगतियों के लिए स्पष्टीकरण मांगने वाले नोटिस/प्रश्न प्राप्त होंगे। हालांकि जीएसटी ई-वे बिल और जीएसटी रिटर्न पोर्टल के बीच कोई संबंध नहीं है, लेकिन सरकार ने जीएसटीआर-3बी और जीएसटीआर-2ए रिटर्न में डेटा में अंतर के लिए व्यवसायों को जारी किए गए नोटिस के हालिया मामलों के आधार पर स्पष्ट उम्मीदें रखी हैं। जीएसटीआर-1 में रिपोर्ट किए गए डेटा की व्यापक मात्रा और प्रकृति और ईवे बिल जारी करने की आवश्यकताओं के कारण, व्यवसायों के लिए दोनों डेटाबेस के जीएसटी ई-वे बिल समाधान के साथ खुद को पहले से तैयार करना आवश्यक हो जाता है।